Każdy zarejestrowany projekt podlega najpierw ocenie formalnej i kwalifikowalności. Za przeprowadzenie tej oceny odpowiada bezpośrednio Wspólny Sekretariat Techniczny. Po przeprowadzeniu oceny formalnej i kwalifikowalności powstaje lista projektów spełniających kryteria formalne i kwalifikowalności, które przechodzą do kolejnego etapu oceny, czyli oceny technicznej (jakościowej). Projekty, które nie spełniają kryteriów oceny formalnej i kwalifikowalności zostają odrzucone.

Projekty składane przez polskich i słowackich Partnerów Wiodących ocenia wspólny polsko-słowacki Panel Ekspertów na podstawie wytycznych dla oceniających.